evenement

Le Groupe Analyse de données de l’Association Française de Cytométrie

Vous invite à son 4^e Webinar 2023

Nouveau logiciel- Scyan

Basé sur des connaissances biologiques préalables, Scyan fournit une annotation
rapide des populations cellulaires sans nécessiter d’étiquette d’apprentissage. Scyan
produit un modèle interprétable qui corrige également l’effet de lot et peut être utilisé
pour le débarcodage, l’échantillonnage de cellules et la découverte de populations.https://doi.org/10.1093/bib/bbad260

Présenté par :

Q. Blampey

Université Paris-Saclay, CentraleSupélec,
Laboratory of Mathematics and Computer Science (MICS),
3 rue Joliot Curie, 91190 Gif-sur-Yvette, France

Jeudi 26 Octobre 2023 / 13h00 – 14h00

Posez vos questions sur le forum de l’AFC avant le webinar
Lien de connexion ZOOM au webinar

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A très bientôt ! 

Aïda MEGHRAOUI & Samuel GRANJEAUD 

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Deux membres bienfaiteurs de l’Association Française de Cytométrie

vous invitent à leur Webinaire 2023

• Beckman Coulter :

Des données aux découvertes: Gestion et analyses des données dans la Plateforme Cytobank

Une bonne pratique scientifique consiste à confirmer ou à réfuter des hypothèses et à examiner des suppositions dans différentes circonstances. Dans le contexte de la cytométrie en flux, une analyse basée sur des hypothèses se traduit généralement par l’établissement d’un gating séquentiel. Lorsqu’elle est effectuée manuellement, cette approche est très chronophage et intrinsèquement sujette à beaucoup de variabilité dans l’analyse. Avec le nouvel algorithme de gating automatique de la plateforme Cytobank, les données de cytométrie peuvent maintenant être analysées plus rapidement et de manière plus objective en exploitant la puissance de l’analyse assistée par l’apprentissage automatique.

présenté par

Antoine Fouillet

Mercredi 8 novembre 2023 de 13h30 à 14h30.

lien de connexion : Cliquez

• Agilent :

Etude multiparamétrique avec le nouveau cytomètre NovoCyte Penteon – Exemple d’un immunophénotypage 30 couleurs sur sang de souris infecté par Influenza

présenté par

Camille Santa Maria (Ingénieur Application – Agilent Technologies) et Cyrille MIONNET, PhD (Centre d’Immunologie de Marseille Luminy – CIML)

Jeudi 9 novembre 2023 à 11h00.

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Viabilité des microorganismes : 
marquages classiques et nouveautés pour les pathogènes

La cytométrie en flux permet l’analyse rapide et le comptage des microorganismes dans une suspension. Associée à des marqueurs fluorescents de viabilité/mortalité, il est possible de dénombrer en moins de 30min les levures ou les bactéries totales, viables et mortes présentes dans une suspension. Dans le cas des bactéries pathogènes des précautions supplémentaires doivent être prises pour protéger les opérateurs. Ce webinaire présentera les méthodes classiques et maintenant largement utilisées pour le dénombrement des microorganismes viables et morts, mais aussi les nouveautés avec des marqueurs fixables qui permettent de mieux prendre en compte la sécurité sur les plateformes de cytométrie.

Présenté par :

Claire Saulou-Bérion – AgroParisTech, UMR SayFood, Université Paris-Saclay

Sophie Viel – INSERM, Plateforme CYM, Université Paris-Saclay

Lundi 25 Septembre 2023 à 13h30

Lien d’inscription (gratuite) au webinaire : Cliquez

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Le Groupe Analyse de données de l’Association Française de Cytométrie

Vous invite à son 3^e Webinar 2023

Décryptage

Construire une heatmap d’abondance informative

Présenté par :

S. Granjeaud

Plateforme Bioinformatique

Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille, Marseille, France

Jeudi 29 Juin 2023 / 13h00 – 14h00

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Aïda MEGHRAOUI & Samuel GRANJEAUD 

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Le groupe de travail “Cytométrie spectrale » de l’Association Française de Cytométrie vous propose le webinaire :

Pathogenic bacterial sorting using Bigfoot cell 

Présenté par Paul Robinson and Narayana Iyengar, Sharath Tippur

Department of Basic Medical Sciences

Purdue University College of Veterinary Medicine
625 Harrison Street
West Lafayette, IN 47907

Le Mardi 20 juin 2023 / 14h

Lien zoom :  Cliquez

En espérant vous y retrouver nombreux !

Le groupe cytométrie spectrale

Lors de la conférence Cyto de Montréal il y a 2 semaines, nous avons retenu (flow-cytometry.net), un outil qui utilise l’IA pour désigner instantanément des panels optimisés de cytométrie (conventionnelle et spectrale). Nous souhaitons donc communiquer cette information à la communauté de cytométriste française.

EasyPanel est une startup française ayant développé un algorithme qui propose automatiquement des panels qui minimisent le spillover/score de complexité/similarité, matchent les antigènes aux fluorochromes (sur la base des niveaux d’expression/coexpression et de la brillance des fluorochromes) et identifient les produits commercialement disponibles (l’outil est directement intégré avec la database commerciale de tous les fournisseurs, et en est diagnostic). 

Une centaine d’universités/sociétés pharma utilisent déjà cet outil, la plupart aux EU (mais aussi quelques-unes en France: Pasteur, Servier, l’IGR…).

Un webinar vous est donc proposé le 29 Juin pour découvrir l’intérêt de ce logiciel dans vos laboratoires.

Suivez le Webinaire (Microsoft Teams) le 29 juin à 11h ICI 

N’hésitez pas à faire suivre à d’autres chercheurs, ingénieurs, techniciens, étudiants, cliniciens  qui font de la cytométrie/panel design cette information.

Rendez-vous le 29 Juin, bloquez la date sur vos agendas !

Catherine Blanc ,Présidente de l’AFC

 Omar Abouzid
EasyPanel Co-founder
+33666029523
flow-cytometry.net

Télécharger l’affiche des JP !

Journées Pratiques
Analyses non supervisées en cytométrie du 6 et 7 juillet 2023 Sophia-Antipolis
(Salle informatique)

Nombre de places limité Pré-inscription !

Bonjour, l’Association Française de Cytométrie (AFC) organise les Journées pratiques : Analyses non supervisées en cytométrie du jeudi 6 au vendredi 7 juillet 2023 à Sophia-Antipolis.

Programme des Journées Pratiques

Animées par :

• Aïda Meghraoui-Kheddar (AMKbiotech, Sophia-Antipolis),
• Samuel Granjeaud (CRCM, Inserm Marseille),
• Anne-Laure iscache (Infinity, Inserm Toulouse).

Objectifs :

• Initiation aux méthodes d’analyse non supervisée de données multi-paramétriques.
• Présentation et utilisation des algorithmes proposés par Tercen, FlowJo et Cytobank.
• Algorithmes présentés : t-SNE, UMAP, FlowSOM…

Public : Techniciens, ingénieurs, étudiants, chercheurs pratiquant régulièrement la cytométrie.

Prérequis :

• Bonnes connaissances en cytométrie multiparamétrique
• Connaissance du langage R n’est pas un pré-requis
• Maîtrise des bonnes pratiques en cytométrie.

Le nombre de places étant limité, nous vous invitons à vous pré-inscrire rapidement.

Pré-inscription !

Attention : inscription définitive sous réserve de places disponibles !

À réception de votre pré-inscription et sous réserve de la disponibilité, nous vous ferons parvenir un email de confirmation détaillé, avec les informations pratiques concernant les journées. Pour les règlements et les bons de commande, merci d’attendre la réception de la confirmation d’inscription définitive.

Pour tout renseignement complémentaire, vous pouvez contacter le secrétariat administratif :

Alpha Visa Congrès / JP AFC 07 2023 624, rue des Grèzes 34070 Montpellier – France Tél. : +33 (0)4 67 03 03 00 – Fax : +33 (0)4 67 45 57 97 jtafc@alphavisa.com

Nous vous remercions de diffuser cette première annonce auprès des personnes susceptibles d’être intéressées par cette manifestation. Pour cela, nous vous invitons également à télécharger l’affiche et le programme.

Dans l’attente du plaisir de vous accueillir à Sophia-Antipolis, nous restons à votre disposition pour tout complément d’information et vous prions d’agréer, l’expression de nos sincères salutations.

Le groupe de travail “Cytométrie de masse » de l’Association Française de Cytométrie est heureux de vous inviter à son prochain webinar :

Mercredi 7 juin à 13h

Live-Cell Barcoding with Anti-CD45 Antibodies for Mass Cytometry

Présenté par Pauline Maby

Immunomonitoring department, Pauli Calmettes Institute, Marseille

Lien zoom : https://univ-amu-fr.zoom.us/j/87588252730?pwd=ek5ZQytnSEd6Q21ZM3FvZ3Bka3lQZz09

Résumé : Le codage à barres CD45 des cellules vivantes implique la coloration d’échantillons de cellules immunitaires avec des combinaisons uniques d’anticorps anti-CD45 comme identificateurs d’échantillons. Cela permet le regroupement d’échantillons afin de les traiter comme un échantillon de cellule unique pour la coloration et l’acquisition des cellules. Il améliore le flux de travail, améliore la cohérence des données et réduit l’utilisation de réactifs.

Au cours de ce webinaire, nous discuterons de toutes les étapes d’une expérience de codage à barres CD45 sur cellules vivantes, de la conception du panel à l’analyse des données. Tout d’abord, lors du panel design, il est important de s’assurer que la coloration CD45 n’interfère pas avec la détection de marqueurs d’intérêt dans d’autres canaux. Ensuite, plusieurs ajustements doivent être apportés aux procédures de coloration et d’acquisition. Enfin, les fichiers FCS obtenus à partir d’échantillons de cellules à code-barres sont décodés pour attribuer chaque événement cellulaire à son échantillon d’origine.

En espérant vous y retrouver nombreux !

A très bientôt ! 

Olivier MOLENDI-COSTE & Anne-Sophie CHRETIEN

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Le Groupe Microbiologie-Cytométrie de l’Association Française de Cytométrie

Vous invite à son Webinar 2023

Vitalité Cellulaire

La vitalité cellulaire dépend de la charge énergétique des cellules. Elle se traduit par la cinétique des réactions métaboliques ou activité métabolique. Dans les industries de fermentation, les ferments doivent être viables mais aussi actifs pour coloniser rapidement le milieu en début de fermentation. On peut aussi évaluer l’effet de stress sur les cellules par la mesure de vitalité. La cytométrie en flux permet de mesurer en 30min la vitalité cellulaire, ce qui est plus simple et plus rapide que les mesures cinétiques d’activités métaboliques. Ce webinaire présentera la méthode avec quelques exemples de corrélation avec des mesures d’activités sur des levures et des bactéries.

Présenté par :

Marielle BOUIX

Responsable du groupe thématique Microbiologie-Cytométrie SFM

Mardi 30 Mai 2023 / 13h30 – 14h15

Lien de connexion au webinar : Cliquez

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A très bientôt ! 

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Dear colleagues,
 
We are collecting information to assess the level of interest in educational materials in languages other than English for our « Lost in Translation: Cytometry in a Multilingual Setting » workshop at CYTO in Montreal which will take place on Sunday May 21 from 15:45 to 16:45 in room 511D. 

We created a survey which will take only 5 min to answer. The survey will be due at 5pm on May 10th.

Here is the link:
https://forms.office.com/r/ua4W5bj7X3

Some background and a link to CYTO 2023 Program: 
https://www.cytoconference.org/program.html

Scientific communication at the higher level worldwide takes place in English and any scientist who wishes to advance their career internationally must be fluent. There is, however, a huge population of clinical, research and industrial cytometrists who are not English fluent and who are working at institutions where the primary language is not English. Often technical staff, both in research and clinical environments, are the ones operating the instruments and generating the data but are not able to follow training courses or teaching material in English. In this workshop we would like to address the issues encountered by English speaking or bilingual faculty teaching in countries where this has been a difficulty and explore ways to improve them. The second topic is to put into place a system to identify and gather educational material, whether in English or already existing in other languages, to translate into multiple languages and to make the translated material available for free access to all who can benefit.

Could you please diffuse this information and survey to anyone or groups who might be interested? Welcome any of the associated societies or persons who might be interested in participating in this endeavor for different languages to attend the workshop. If you are not coming to CYTO you can contact Zosia directly at the emails below. 

Thanks for your time and support!

Our Best Regards,

Zosia Maciorowski, zosiamaciorowski@gmail.com
Catherine Blanc 
Maggie Wang
Mariela Bollati

Dear cytometry users,

We are reaching out to you, kindly asking for 3 minutes of your precious time to fill out a survey to share with us your experience using computational tools for cytometry data analysis–whatever your level of experience with these tools, even if non-existent! 

Survey link: https://forms.gle/igs2s42efQ1mB5kSA

Your feedback is needed to help us identify the barriers and pain points preventing users from adopting computational analytical tools. This knowledge will allow us to develop solutions to overcome such obstacles.

This survey is open until May 12^th and results will be presented at the CYTO conference in Montreal, during the workshop: « Overcoming analysis paralysis: How to break into the high-dimensional cytometry data analysis space » that will take place on May 22^nd at 3:45PM in room 510A.

Thank you for your input!

Aïda Meghraoui

Alice Wiedeman

Anne-Laure Iscache

Anna Belkina 

Giulia Grazia

Geoffrey Kraker

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Le Groupe Analyse de données de l’Association Française de Cytométrie

Vous invite à son 2^e Webinar 2023

Décryptage

Pour lire une heatmap, il faut savoir la construire

Présenté par :

S. Granjeaud

Plateforme Bioinformatique

Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille, Marseille, France

Mercredi 10 Mai 2023 / 13h00 – 14h00

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Aïda MEGHRAOUI & Samuel GRANJEAUD 

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Le Groupe Cytométrie de masse de l’Association Française de Cytométrie

Vous invite à son prochain Webinar

Amélioration de la segmentation unicellulaire et de l’analyse d’imagerie sur lame entière grâce à l’immunofluorescence à double modalité et à la cytométrie de masse par imagerie

Présenté par : John Lizhe Zhuang

Department of Oncology, University of Cambridge

le Mardi 2 Mai 2023 à 16h00

Lien de connexion ZOOM

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Olivier MOLENDI-COSTE & Anne-Sophie CHRETIEN

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Le groupe de travail “Cytométrie de masse » de l’Association Française de Cytométrie vous propose un webinaire :

Vendredi 31 mars 2023 à partir de 12:00

Spatial profiling reveals molecular and immunological hallmarks
of colorectal cancer tumourigenesis

Présenté par Jessica Roelands

Department of Pathology, Leiden University Medical Center (LUMC), Leiden
Cancer Immunogenomics Group

Lien Zoom : lien

Affiche du webinars : Ici

En espérant vous y retrouver nombreux !

Le groupe ‘Cytométrie en masse’

Le groupe de travail “Cytométrie en Image » de l’Association Française de Cytométrie vous propose un webinaire :

Lundi 13 mars 2023 de 13h30 à 14h15

L’imagerie par cytométrie de masse : Dévoiler l’intimité des relations cellules-cellules in situ

Présenté par Henri Alexandre Michaud

Equipe Immunité et Cancer, Plateforme de Cytométrie et d’Imagerie de Masse

Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM)

L’inscription est obligatoire via le formulaire suivant : lien

Date limite d’inscription : 8 mars 2023

Le lien vous sera envoyé une fois l’inscription réalisée.

En espérant vous y retrouver nombreux !

Le groupe ‘Cytométrie en Image’

V. Duplan-Eche, S. Dussurgey, Y. Demont, M. Dussiot, C. Guérin, J. Cosette, M. Boyer-Clavel, F. Hédin, ML.  Renoud, AL. Raveu, A. Malfait-Jobart  

contact : valerie.duplan@inserm.fr

Le Groupe Analyse de données de l’Association Française de Cytométrie

Vous invite à son 1^er Webinar 2023

Journal Club

Les Bonnes Pratiques de l’analyse de données multidimensionnelles :

« Lietchi et al., 2021 » soulignent les étapes clés et les pièges à éviter

Présenté par :

A.L. Iscache

Jeudi 26 Janvier 2023 de 13h00 à 14h00

Lien vers l’article Lietchi et al. 2021

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Lien de connexion TEAMS au webinar

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Aïda MEGHRAOUI & Samuel GRANJEAUD 

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***SAVE THE DATE***

La plateforme HYPERION (HYPE Research in Immunology and ONcology) et le laboratoire LBAI (Lymphocyte B, Auto-immunité et Immunothérapie) de Brest organisent les premières Brest Mass Days les 16&17 mars prochains au Multiplexe Liberté.

Ces deux journées de partages scientifiques (chercheurs, médecins, étudiants, industries pharmaceutiques …) seront consacrées à la cytométrie de masse et à la technologie Hyperion.

L’inscription est gratuite mais obligatoire :

https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSfIIDduo6fTz2c3sYrGnZ1rYotgvqp3Ia9NHKM6Y1ODDLM65g/viewform

Le Programme

Pour les renseignements, contact : plateforme.hyperion@chu-brest.fr

Chèr(e)s ami(e)s et collègues,

C’est avec beaucoup de plaisir  que nous vous invitons au 26e Congrès de l’Association Française de Cytométrie (AFC) du 15 au 17 novembre 2023 qui se déroulera à Toulouse. Programme et inscription sur le site dédié.

Affiche-AFC-2023

Chèr.es collègues,

La campagne de vote pour l’élection des nouveaux membres du Conseil d’Administration de l’AFC ouvre ce mardi 23 septembre à 12h00 et se terminera le 21 novembre à 23h59. 

Six candidat.es se présentent cette année pour rejoindre le CA de l’AFC :

• Thibault ANDRIEU : Ingénieur de Recherche Inserm, responsable de la plateforme de Cytométrie du Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL), Lyon.

• Sandra AUDONNET : Ingénieur de Recherche à l’Université de Reims Champagne-Ardenne, responsable scientifique et technique du plateau de cytométrie URCATech – URCACyt, Reims

• Manon FARCÉ: Ingénieure d’Études CNRS, responsable du plateau de cytométrie et tri cellulaire du Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Toulouse. Secrétaire de l’AFC, termine son premier mandat et se présente pour un nouveau mandat.

• Anne-Laure ISCACHE : Ingénieure de Recherche CNRS, plateau de cytométrie et tri cellulaire de l’Institut Toulousain des Maladies Infectieuses et Inflammatoires (INFINITy), Toulouse.

• Olivier MOLENDI-COSTE: Ingénieur de Recherche Inserm, responsable scientifique du plateau de cytométrie de l’Institut Pasteur Lille.

• Marie-Laure RENOUD: Ingénieure d’Études Inserm, responsable du plateau de cytométrie de l’institut RESTORE, Toulouse.

Les résultats seront annoncés le mercredi 26 novembre lors de l’assemblée générale de l’AFC qui se tiendra de 18h à 19h pendant notre congrès annuel à Dijon.

Le vote étant ouvert uniquement aux membres à jour de leur cotisation, vérifiez que votre adhésion est effective pour 2025 et que vous pouvez bien vous connecter comme adhérent.e à notre site.

Merci à toutes et à tous de vous mobiliser pour cette élection 2025 !

Bon vote à tous

Cyrille Mionnet, Président et le Conseil d’Administration de l’AFC,