Les Webinars du groupe microbiologie en partenariat avec la SFM

Le groupe thématique Microbiologie-Cytométrie SFM en association avec l’AFC est heureux de vous annoncer une série de Webinars courts pour compléter le chapitre « Microbiologie » de l’ouvrage  La cytométrie en flux sorti chez Lavoisier fin 2020. Chaque webinar comprendra la présentation d’une méthode, en détaillant les protocoles, pour l’étude des micro-organismes par cytométrie en flux, et un temps pour des questions des participants, et sera coordonné par Marielle Bouix (responsable du GT).

Dénombrement

15 juin 13h30-14h15

La cytométrie en flux permet l’analyse rapide et le comptage des micro-organismes dans une suspension. Associée à des marqueurs fluorescents de viabilité/mortalité, il est possible de dénombrer en moins de 30min les levures ou les bactéries totales, viables et mortes présentes dans une suspension.

Ce webinar présentera les méthodes et les marqueurs fluorescents, pour le dénombrement des micro-organismes en s’appuyant en particulier la norme ISO 19344 :2015 pour le dénombrement des bactéries lactiques et probiotiques dans les ferments laitiers.

Flow-Fish

22 juin 13h30-14h15

La méthode FISH (Fluorescent In Situ Hybridization) couplée à la cytométrie en flux permet la détection spécifique et rapide de micro-organismes dans un mélange. Après avoir donné le principe, les intérêts et les limites de cette méthode, le kit commercial de détection (VERMICON) de Brettanomyces bruxellensis dans les vins sera présenté par Pascal Brunou (Sysmex).

Vitalité cellulaire

Date à définir

La vitalité cellulaire dépend de la charge énergétique des cellules. Elle se traduit par la cinétique des réactions métaboliques ou activité métabolique.  Dans les industries de fermentation, les ferments doivent être viables mais aussi actifs pour coloniser rapidement le milieu en début de fermentation. On peut aussi évaluer l’effet de stress sur les cellules par la mesure de vitalité.  La cytométrie en flux permet de mesurer en 30min la vitalité cellulaire, ce qui est plus simple et plus rapide que les mesures cinétiques d’activités métaboliques. Ce webinar présentera la méthode avec quelques exemples de corrélation avec des mesures d’activités sur des levures et des bactéries.

Potentiel de membrane

Date à définir

Le potentiel de membrane (ΔΨ) des micro-organismes est un paramètre important pour la connaissance de l’activité cellulaire, des cellules viables pouvant être actives (potentiel de membrane élevé) ou peu actives ou dormantes (potentiel de membrane faible ou nul). Des marqueurs fluorescents cationiques ou anioniques peuvent être utilisés pour évaluer le potentiel de membrane. Deux informations sont accessibles : le pourcentage de cellules dépolarisées et l’intensité de dépolarisation. Ce webinar abordera les méthodes de mesures et donnera quelques exemples d’applications.

 pH intracellulaire

Date à définir

Une cellule est normalement capable de réguler son pH intracellulaire  (pHi) pour le maintenir constant, et permettre le bon fonctionnement des enzymes cytoplasmiques. Toutefois, des stress ou certains métabolismes peuvent faire varier le pHi. La mesure du pHi peut être effectuée avec des fluorochromes dont l’intensité de fluorescence est sensible au pH. La méthode doit prendre en compte les variations de taille de cellules et donc de la concentration en marqueur suivant la phase de croissance. La méthode et des exemples d’applications seront développés dans ce webinar.

Fluidité membranaire

Date à définir

La membrane cytoplasmique doit conserver un état optimal de fluidité quelles que soient les conditions extérieures, et pour cela, elle est capable d’adapter sa composition lipidique en réponse à des changements physiques ou chimiques de l’environnement cellulaire. La mesure de fluidité membranaire permet d’évaluer l’impact de différents facteurs et la capacité d’adaptation des microorganismes. Cette mesure repose sur une mesure d’anisotropie de fluorescence d’un marqueur qui s’intercale dans la bicouche lipidique et dont la mobilité dépend de la fluidité membranaire. Elle suppose un cytomètre modifié, capable de mesurer l’anisotropie de fluorescence de ce marqueur. Ce webinar présentera les modifications de l’appareil, la méthode de mesure et des exemples d’applications.

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